Το Εργαστήριο Φυσικών Επιστημών βρίσκεται στον 2ο όροφο του κτιρίου και διαθέτει πληθώρα οργάνων για την διεξαγωγή πειραμάτων. Επίσης διαθέτει πλήρη ηλεκτρονιικό εξοπλισμό που αποτελείται από σταθερό Η/Υ, ηχητική εγκατάσταση, βιντεπροβολέα οροφής και σύνδεση με το διαδίκτυο. Τα όργανά του είναι τοποθετημένα σε προφυλαγμένες προθήκες, ταξινομημένα και καταγραμμένα σε ηλεκτρονικό αρχείο που βρίσκεται στη διάθεση των εκπαιδευτικών του σχολείου. Τέλος το Εργαστήριο εμπλουτίζεται με βιβλία διεξαγωγής πειραμάτων που προσφέρουν τη δυνατοτητα πλήρους αξιοποίησης των οργάνων του.
